利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树

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利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树 DarwinTree应用实例分析 利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树 汇报人:董慧 深圳市仙湖植物园 2010年5月15日 1 1

以MPE中已发表文章中相同数据为基础,比较国际公认的分子系统发育关系与DarwinTree构建的系统发育关系 背景 内容 以MPE中已发表文章中相同数据为基础,比较国际公认的分子系统发育关系与DarwinTree构建的系统发育关系 目的 如何利用DarwinTree分析非陆地植物类群数据 验证DarwinTree利用NCBI数据流程化构树的有效性

分析内容-联合基因建树 外群:水虻总科木虻科Xylomyidae 1taxa 类群:水虻总科水虻科Stratiomyidae 68taxa 序列名称:elongation factor-1 alpha gene 28S ribosomal RNA gene 构树方法:Baysian Inference (BI)

已发表文章分析方法与DarwinTree构树流程比较 Positive DarwinTree Negative 数据汇集-自测 序列格式处理-手动 多序列比对-Sequencer 序列手工校对-MacClade 4.0 模型评估:ModleTest 3.7 构建系统树:MrBayes-3.1.2 数据汇集- 数据定制功能 序列格式处理-手动 多序列比对-Clustal X 序列手工校对-BioEdit 模型评估:在参数设置中预设 构建系统树:MrBayes

检索结果与NCBI检索结果完全一致,而且存储更为方便 数据汇集 已发表文章/NCBI DarwinTree 自测/NCBI搜索下载 数据定制功能Data Subscription 检索结果与NCBI检索结果完全一致,而且存储更为方便 Conclusion

与利用DarwinTree分子库中已有数据建树相比,利用私有数据在平台分析需要进行大量的格式处理。 数据处理 序列描述字段修改 利用数据定制功能下载FASTA格式: >gi|148808075|gb|DQ168766.2| Nemotelus nigrinus voucher CB0318 28S ribosomal RNA gene, partial sequence DarwinTree自测数据分析要求格式: >Nemotelus_nigrinusCB0318 与利用DarwinTree分子库中已有数据建树相比,利用私有数据在平台分析需要进行大量的格式处理。 Conclusion

用自测数据在DarwinTree进行联合基因建树,需要对不同基因分别比对再手动联合 序列比对 已发表文章 DarwinTree 多序列比对-Sequencer 序列手工校对-MacClade 4.0 EF1a: 1058bp 28S: 2195bp 删除246bp高变区 多序列比对-Clustal X 序列手工校对-BioEdit EF1a:1060bp 28S: 2243bp 删除454bp 用自测数据在DarwinTree进行联合基因建树,需要对不同基因分别比对再手动联合 Conclusion

用Bayesian方法构建系统关系

A PA S CI CI CI CI ST R

A PA S CI CI CI CI 亚科具有较好的单系性 ST Conclusion R

已发表文章中水虻科系统发育关系 相同分子数据 形态数据

已发表文章中水虻科系统发育关系 亚科间系统发育关系出现差异 Conclusion 相同分子数据 形态数据

建议 是否增加私有数据联合基因建树功能? 数据定制部分是否增加以不同描述形式来保存序列?(类似于MEGA) 是否利用jModelTest软件增加模型评估功能(该软件不需要和PAUP一起使用) 系统树自动构建系统树的有效性?(部分基因自动比对效果不佳)

Thank You!