3. 分子动力学 (Molecular Dynamics，MD) 算法 3.1. 基本的 MD 算法 (微正则系综，constant NVE） 把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。 运动方程的积分：不用考虑计算速度，关键是精度和长时间稳定性。常用的有 velocity Verlet 算法，Leap Frog 算法，predictor-corrector 算法等等。 常用的 MD 软件：DL_POLY, LAMMPS, GROMACS, NAMD, AMBER, CHARMM 等等。 3.2. 其它系综下的 MD 算法 正则系综 (constant NVT) Thermostats: isokinetics, Berendsen, Andersen, Nosé-Hoover 等压-等温系综 (constant NPT)
热耦（Thermostat or Heat Bath) Isokinetics thermostat: 每一步对速度进行修正，得到需要的温度。 Berendsen thermostat： Andersen thermostat: 每一步从温度为T的Maxwell-Boltzmann分布中随机产生一个速度赋予被选中的粒子。 Nosé-Hoover thermostat: 增加额外的自由度，在扩展的微正则系综内实现实际体系的正则系综。