生物信息学数据库

序列数据库 结构数据库 生物信息学数据库的种类 图谱数据库 突变数据库 文献数据库 专业杂志 生物信息学数据库的查找方法 专门数据库目录的网站 著名的生物信息学中心 参见教材p227--p242

NCBI数据库组织

一、NCBI中的生物信息数据库 1）、PubMed： 生物医学文献数据库 2）、Nucleotide：核酸序列数据库 3）、Protein sequence database： 蛋白质序列数据库 4）、Senome： 大分子三维结构数据库 5）、Genome： 完整的基因组数据 6）、PopSet： 人口研究数据集 7）、OMIM： 人类孟德尔遗传数据库

8）、Taxonomy： Genbank中的物种分类学数据库 9）、Structure：分子结构数据库 10）、SNP：单核苷酸多肽性数据库 11）、Books： 在线生物医学图书

所 有 数 据 库

例： 在Nucleotide核酸数据库中检索牛冠状病毒的序列信息。 牛冠状病毒 bovine coronavirus

Nucleotide 核苷酸数据库

本库利用 其它资源 本库工具 bovine coronavirus 核苷酸数据库序列来源于GenBank中的RefSeq，TPA和PDB。基因组，基因和转录本序列数据为生物医学研究和发现的基础。 本库利用 其它资源 本库工具

结果分类 牛冠状病毒全基因组 按数量多少列出的生物类别

序列存储号 不同库的显示格式 存储号、定义、入口、 版本、来源等详细描述

FASTA格式显示 全序列

Graphics格式

Send to保存格式 Display Setting 显示格式

二、序列相似性搜索工具 是用来查找序列之间的同源序列的工具，可以明确序列之间相似性的大小。 BLAST：美国NCBI（国家生物技术信息中心）支持。 FASTA：是英国EBI（生物信息研究所）负责维护。

BLAST：碱基局部对准检索工具 Basic Locul Alignment Search Tool 可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的同源性分析，能在8秒内在整个DNA数据库中进行序列比较。

入口

最近检索结果 帮助 检索策略保存 检索物种分类 不同项目的检索

在核苷酸数据库中检索核苷序列 在蛋白质数据库中检索蛋白质序列 用翻译的核苷酸序列在蛋白质数据库中检索 用蛋白质序列在翻译的核苷酸数据库中检索 用翻译过来的核苷在核苷翻译库中检索

用法学习

检索方法 例：对“人胰岛素cDNA序列”进行相似性分析 步骤： 先检索出cDNA核苷酸序列 用FASTA格式显示 将FASTA格式全选后粘贴于BLAST检索框中 选择分析用的数据库 点击BLAST进行比较

序列存贮号 描述说明 序 列

可限定对比起始位置，长度 检索框：用来粘贴FASTA格式 老鼠基因库 其他数据库 人类基因库

粘贴FASTA格式

比较结果页面

彩色积分图 序 列 相 似 描 述 E值 统计 检索范围 链接 积分 存贮号 描述

相似率为100% 序列对准描述

三、基因组数据库 1、Genome：可获得800多种生物体的基因组数据，部分已完成测序。 2、人类基因组资源： human genome resources 整合了多种相关的分子生物学数据库和公共分析软件，为科研人员提供了自动化的实验数据获得、加工和整理途径，为基因区域的预测和基因功能预测提供了一系列便捷的方法。

检索框空白 入口1 入口2

使用帮助 常用资源 其他资源 扩展资源 本库工具 注释和分析 扩展资源 本库工具

四、OMIM孟德尔人类遗传学数据库 OMIM：Online Mendelian Inheritance in Man 此库是关于人类基因和遗传性疾病的数据库，适合关注遗传疾病的医生和科研人员

检索框空白，不填入任何内容

diabetes 顺序号中第1位数字表示所涉及 基因的遗传类型： 1：常染色体显性（1994.5.15前创建） 2：常染色体隐性（1994.5.15前创建） 3：X连锁基因座或表现型 4：Y连锁基因座或表现型 5：线粒体基因座或表现型 6：常染色体基因座或表现型 （1994.5.15后创建的条目）

此页为早期页面，但较好地 解释了各种前缀的含义等 顺序号前缀的含义 题名 顺序号 等位基因的变化 原文 参考文献 临床症状 基因图异常 投稿者 结果记录 只包含 条目创建时间 条目最后修正时间

结果原文 基因图位置

五、Taxonomy---分类学 即生物学门类数据库，可以按生 物学门类进行检索或浏览其核苷酸序 列、蛋白质序列、结构等。

Taxonomy 入口一 Taxonomy 入库二

本库工具 其他资源 使用帮助

检索方法 1、分类浏览 Taxonomy browser 最高级类目名称

Browser 浏览 检索区 古生物 细菌 真核生物 分 类 类病毒 病毒 其他 常用分子生 物研究 未分类物种

系统默认 3级分类级别

点击进入

显示该物种在这些数据库中的文献量 存储序号 基因码 类别 同义词 类别 在Taxonomy数据库中的文献 作者链接，点击进入pubmed

检索方法 2、关键词查询

输入生物体名称或生物门类，如 hepatitis b virus 或 proifera

完整名称 通配符 模糊检索 口语中的名称 分类序号

检索方法 3、直接用生物体名称列表查询

点击下列名称，直接检索 具体生物体的树状结构

六、Structure    也称大分子三维数据库(MMDB)，包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从蛋白质数据库PDB(Protein Data Bank)获得。对结构的阐述较PDB详细，更多的是比较结构的相似性及亲缘关系。

Structure

本库工具 其他资源 使用帮助等 Cn3d 阅读器

Install 安装方法一 Windows 安装方法二 Tutorial 学习指南

下半页 Download Cn3d 方法三

点击下载、安装

检索方法 1、关键词检索 直接输入检索的蛋白质名称，然后GO 2、登记号检索 前提是已经知道PDB或MMDB的登记号

MMDB:Molecular Modelling Database 例:检索PTEN的结构图 PTEN 名称 在MMDB、PDB中的登记号 3D结构图，点击直接下载 PDB:Protein Data Bank 蛋白质数据库 MMDB:Molecular Modelling Database 大分子三维结构数据库

名称 来源 分子图 浏览或保存3D结构图

在图上双击， 下边显示对应的内容

NCBI数据库组织，是世界上著名的生物医 学数据库组织，希望同学们以后多利用多挖 掘它的资源。