写作研讨会 #3 结果和讨论 下面幻灯片上的例子都取自真实原文 这些幻灯片列举了学生们在起草他们论文的结果和讨论部分所经常遇到的问题 在评论每个例子的时候，问一下自己是否你的论文也犯有相同的毛病。 你该怎样改变你的写作来避免这些毛病？

从概念上区分测试结果 测试…启动子的活力 为确定…启动子在AN12的野生型和突变型中的活力，我们进行了一次GUS测试 转录融合测试分析 gusA =基因 这个表达更贴切 但它在内容上跑题了 转录融合测试分析 进行GUS测试是为了揭示启动子是否有转录活性，如果有的话，测量其在不同的菌株中的活力 为进行GUS测试，将取自…基因的假定的启动子联结到pAL280表达载体上进行建构

从概念上区分测试结果 测试…启动子的活力 为确定…启动子在AN12的野生型和突变型中的活力，我们进行了一次转录融合测试。在测试中，来自…基因的启动子和b-葡(萄)糖苷酸酶报道基因(gusA)的编码序列融合在一起。 转录融合测试分析 在转录融合测试中，假定的启动子和b-葡(萄)糖苷酸酶报道基因(gusA)的开放阅读框融合在一起。 以这种方式测量GUS 活力将可以揭示启动子是否有转录活性，如果有的话，还可以测量其在不同菌株中的活力。 为进行这个测试，将取自…基因的假定的启动子联接到pAL280表达载体上进行建构

不要过度使用人称代词 为获得抗庆大霉素的转座子，我们用…从 pMSR1 中分离出我们的转座子。 呀 eek! 呀 为获得抗庆大霉素的转座子，我们用…从 pMSR1 中分离出这种转座子。

避免使用实验俚语 为了确定转座子是否真的随机插入了基因，对所有菌株的质粒拯救都进行测序 啊? 为了确定转座子是否真的随机插入了基因，我们对插入了转座子的基因组进行了测序。我们首先通过质粒拯救过程恢复了带有部分染色体组DNA的转座子（见材料和方法）。以这种方式恢复的染色体组DNA 的序列显示…

避免使用实验俚语 质粒也用转座子先前的引物进行测序，与同种的已知序列相比，上游区是BLAST 什么的上游？ 嗯? 质粒也用转座子先前的引物进行测序，目标转座子以上的序列通过BLAST分析 (Altschul et al., 1990) 测得，以确定在基因库中是否有与他们类似的已知序列

警惕模糊的解释 …质粒通过和nimB and ORF5468基因进行同源重组整合到染色体组中。真正的潜在的剔出繁殖实验表明在整合后的质粒 丢失比率非常低。 我应当已经知道这是什么意思吗？

警惕模糊的解释 …质粒通过和nimB and ORF5468基因进行同源重组整合到染色体组中。真正的潜在剔出繁殖实验表明在整合后的质粒丢失比率非常低。 要么在材料和方法中全面解释“真正的繁殖实验” ，要么在这儿包括更多的细节 …质粒通过和nimB and ORF5468基因进行同源重组整合到染色体组中。 我们通过一次真正的繁殖实验来测试整合质粒 的稳定性。在这个实验中，重组细胞在不适温度和缺少抗生素选择的条件下培养大约10代。然后将从这个培养物中取得的等份试样接种到含选择介质的平板（含5 mg/L庆大霉素的 LB）或不含选择介质的平板（LB）上。在选择平板和非选择平板上的菌落数量比反映了保留有完整质粒 的比例。这个潜在的剔出的实验表明…

更多的含义模糊的陈述 使用（转座子）成功地培育出转化株。在最初的几次转化尝试中，阳性对照的产量在10到20个菌落之间，而…阴性对照的产量为0。 你控制的条件是什么？ 什么是阳性对照？

更多的含义模糊的陈述 使用（转座子）成功地培育出转化株。在最初的几次转化尝试中，正调控的产量在10到20个菌落之间，而…负调控的产量为0。 … 使用（转座子）成功地培育出转化株。 为了测试细胞是否能吸收外源DNA，在电穿孔的正极用pEP2 或 pJP10 质粒来代替转座子对正调控进行电穿孔，负调控只运载细胞。在最初的几次转化尝试中，正调控的产量在10到20个菌落之间，而…负调控的产量为0。

去除不必要的凝胶带 没作条带 标记 多个复制子 太多的阴影区 没讨论的其他数据 多余的解释 图4通过HindIII 和Pst1 酶解后对S-34, S-42 的鉴定。 带1包含了1kb的DNA带。带3和带4包含了S-34质粒拯救，这表明在转座子上预计的1.5kb带分别在两个限制酶间。同样的，带5和带6包含了S-42质粒拯救，也显示了1.5kb带。多个其他带预示在质粒中存在多个HindIII 位点。

去除不必要的凝胶带 1 2 3 ~1.5 图4通过HindIII 和Pst1 酶解后对S-34, S-42 的鉴定 带1包含了1kb的DNA带。带3和带4包含了S-34质粒拯救，这表明在转座子上预计的1.5kb带分别在两个限制酶间。同样的，带5和带6包含了S-42质粒拯救，也显示了1.5kb带。多个其他带预示在质粒中存在多个HindIII 位点。

去除不必要的凝胶带 1 2 3 ~1.5 图4通过HindIII 和Pst1 酶解后对S-34, S-42 的鉴定 带1包含了1kb的DNA带。带3和带4包含了S-34质粒拯救，这表明在转座子上预计的1.5kb带分别在两个限制酶间。同样的，带5和带6包含了S-42质粒拯救，也显示了1.5kb带。多个其他带预示在质粒中存在多个HindIII 位点。 图4。 S-34, S-42的质粒拯救。带1为1kb的DNA带。由HindIII 和 PstI酶解从转运子S-34（带2）和 S-42（带3）回收所得的质粒。注意两个质粒都从转座子中产生出预期的1.5kb带。其他条带表明在质粒中存在多个HindIII 酶切位点。两个质粒的相似暗示这两个转座子为克隆衍生。

说了这么多，也没有清楚说明主要的观察结果 图的标题不用列表 清晰的图象 写成了列表形式 图4。琼脂凝胶电泳 (FspI 体外酶解pCR2.1 TOPO转化株): 带1：分子量标记 带2：1号克隆，PCR载体插入TOPO 的1.7 kb片段 带3：2号克隆， PCR载体插入TOPO 的1.1 kb片段 带4：酶解TOPO ，期望在1.0 kb, 1.1 kb, 1.7 kb片段处得到条带 带5：1号克隆， PCR载体插入TOPO 的1.7 kb片段 太多重复 说了这么多，也没有清楚说明主要的观察结果 实验俚语

图的标题不用列表 1 2 4 5 3 图4。琼脂凝胶电泳 (FspI 体外酶解pCR2.1 TOPO转化株): 1.7 kb 1.1 kb 1.0 kb 图4。琼脂凝胶电泳 (FspI 体外酶解pCR2.1 TOPO转化株): 带1：分子量标记 带2：1号克隆，PCR载体插入TOPO 的1.7 kb片段 带3：2号克隆， PCR载体插入TOPO 的1.1 kb片段 带4：酶解TOPO ，期望在1.0 kb, 1.1 kb, 1.7 kb片段处得到条带 带5：1号克隆， PCR载体插入TOPO 的1.7 kb片段 图4。 FspI 体外酶解pCR2.1 TOPO转化株. 尽管pCR2.1-TOPO 酶解产生了1.0 kb、1.1 kb 和1.7 kb片段 (泳道4) 三个片段，每个质粒中都插入了这些片段中的一个（泳道2、3和5），使各自的片段都增加了1.9 kb 。泳道1为分子量标记。

对质粒命名只有在描述了其成功的测试 之后才能给出 给他们命名 提纯的PCR产品从凝胶中切离下来，再次纯化，然后分别克隆进 pCR2.1-TOPO （图2）。这些构建物分别命名为pTOPO_ERG12, pTOPO-ERG8, 和pTOPO-MVD1，以在克隆进每个质粒的两条基因之间加以区分。 从每个插入物中选择出适当的克隆，质粒由小量制备萃取出来。每个pCR2.1-TOPO构建物的确认都通过DNA 测序和不同的限制酶酶解来进行，见图3，4，5。 然后测试他们（这表明在解释现象时有倾向性）

对质粒命名只有在描述了其成功的测试 之后才能给出 提纯的PCR产品从凝胶中切离下来，再次纯化，然后分别克隆进 pCR2.1-TOPO （图2）。这些构建物分别命名为pTOPO_ERG12, pTOPO-ERG8, 和pTOPO-MVD1，以区分克隆在每个质粒中的两条基因。 从每个插入物中选择出适当的克隆，质粒由小量制备萃取出来。每个pCR2.1-TOPO构建物的确认都通过DNA 测序和不同的限制酶酶解来进行，见图3，4，5。

只有在成功的测试之后才能对质粒命名 提纯的PCR产品从凝胶中切离下来，再次纯化，然后分别克隆进 pCR2.1-TOPO （图2）。从每个插入物中选择出适当的克隆，质粒由小量制备萃取出来。每个pCR2.1-TOPO构建物的确认都通过DNA 测序和不同的限制酶酶解来进行，见图3，4，5。这些构建物分别命名为pTOPO_ERG12, pTOPO-ERG8, 和pTOPO-MVD1，以区分克隆在每个质粒中的两条基因。

删除不必要的细节 太多限制位点 两个图可以合并成一个

删除不必要的细节 一些特性标注了但没解释 一些不必要的细节 EcoR I * 1 Xba I 5 Spe I * 10 Sal I * 14 Sph I * 20 Not I * 24 Eag I 25 Sac II * 28 Sbf I * 36 Pst I * 37 HindIII 6363 Bam HI * 42 Nco I 52 NcoI 6172 Pvu II 397 Bgl I 6046 Pvu II 490 EcoR V 640 Ptrc 一些特性标注了但没解释 MluI 5622 HindIII 5604 Mlu I 1088 lacIq KpnI 5424 NG2 ori StuI 5284 pJP10 6725 bp XhoI 1685 Xba I 4938 Cla I 1777 一些不必要的细节 Eag I 4750 KanR RP4 mob SmaI 1959 Eco47 III 4372 SpecR Ase I 2285 Eag I 3974 StuI 2709 Mlu I 3869 NcoI 2768 Sca I 3675 PvuII 2798 HindIII 3472 Mlu I 2842 PvuI 3264 图5. pJP10. 设计一个6725个碱基对的质粒来表达取自trc启动子的插入基因。Ptrc是一个可诱导的IPTG 启动子。Ori是复制的起始点，它能复制AN12. SpecR表示奇霉素抗性。 KanR 表示卡那霉素抗性。lacIq 是lac 阻抑蛋白的基因。限制酶位点用来确认酶解效果。星号表明限制酶只对质粒进行切割一次。

删除不必要的细节 多余的 图象 能写得更简洁些吗？ EcoR I 1 Spe I 10 Sal I 14 Sph I 20 Not I 24 Sac II 28 Pst I 37 Bam HI 42 Nco I 52 NcoI 6172 Ptrc lacIq NG2 ori pJP10 6725 bp KanR 多余的 图象 能写得更简洁些吗？ SpecR NcoI 2768 图5. pJP10. 设计一条6725个碱基对的质粒来表达取自trc启动子 插入基因。Ptrc是一个可诱导的IPTG 启动子。Ori是复制的起始点，它能复制AN12. SpecR表示奇霉素抗性。 KanR 表示卡那霉素抗性。lacIq 是lac 阻抑蛋白的基因。限制酶位点用来确认酶解效果。星号表明限制酶只对质粒进行切割一次。

删除不必要的细节 EcoR I 1 Spe I 10 Sal I 14 Sph I 20 Not I 24 Sac II 28 Pst I 37 Bam HI 42 Nco I 52 NcoI 6172 Ptrc lacIq NG2 ori pJP10 6725 bp KanR SpecR NcoI 2768 图5 pJP10 表达来自IPTG-诱导的trc启动子的插入基因(Ptrc) 。复制起点NG2 ori能在AN12中复制；SpecR是奇霉素抗性标记；KanR是卡那霉素抗性标记; lacIq是 lac阻抑蛋白。

开始讨论 讨论： 对于pFRO测序结果的偏差我们不认为奇怪，因为基因枪测序法在测染色体的序列时有漏洞。 直接从数据 开始 相对否定的讨论，少些为妙… 讨论： 对于pFRO测序结果的偏差我们不认为奇怪，因为基因枪测序法在测染色体的序列时有漏洞。

开始讨论 先重申假说 讨论 尽管许多真核生物通过甲羟戊酸产生类异戊二烯，但很少有原核生物采用这种途径，其中以非甲羟戊酸途径更为普遍。因此在我们所研究的细菌中发现有编码非甲羟戊酸途径的完整的酶的补足物的基因就毫不奇怪了。但是特殊的是存在编码HMG-CoA 还原酶的基因。在其他有机体中，这种酶是通过甲羟戊酸进行类异戊二烯生物合成 途径的第一个关键步骤，而这个酶很少在其他文章中提到。在这个项目中我们想确定HMG-CoA 还原酶在这个菌株中的功能。 我们对来自细菌染色体的HMG-CoA 还原酶的基因进行了克隆和测序，发现有少量的序列与基因库中报道的有差异。测序结果中出现的偏差我们不认为奇怪，因为…

等等！你在说第二个话题了，而我还没明白第一个例子呢！ 引用参考文献 如果在红球菌中有ptsH 启动子的话，它的位点还没确定。在类似的细菌中，如唾液链球菌，在ptsH 基因的上游曾发现Shine delgarno 序列 (Gagnon et al. 1993)。 在 coelicolor链霉菌中也发现两种碳源调控子(Nothaft et al. 2003)。此外， 启动子也常发现于… 等等！你在说第二个话题了，而我还没明白第一个例子呢！ 从这个例子中我们知道了什么？

引用参考文献 如果在红球菌中有ptsH 启动子的话，它的位点还没确定。在类似的细菌中，如唾液链球菌，在ptsH 基因的上游曾发现Shine delgarno 序列 (Gagnon et al. 1993)。 在 coelicolor链霉菌中也发现两种碳源调控子(Nothaft et al. 2003)。此外， 启动子也常发现于… …在类似的细菌中，如唾液链球菌，在ptsH 基因的上游曾发现Shine Delgarno 序列 (Gagnon et al. 1993)，这使得研究者可以对此菌的ptsH 启动子进行定位。由于红球菌会有一段与此测定序列一致的序列，所以我们可通过类似的策略对红球菌的ptsH 启动子进行定位。在 coelicolor链霉菌中还发现了两种碳源调控的启动子（Nothaft et al. 2003)。这两个启动子表达越在近端，他们的远端越强烈地被葡萄糖诱导。这表明可能…

“讨论”作为“实际陈述” B264-1 的转化率太低，对产生突变来说没有用处。假定在三个月内用各种不同种类的感受态细胞只产生了三个突变株… 噢，哇! B264-1 的转化率太低，对产生突变来说没有用处。假定在三个月内用各种不同种类的感受态细胞只产生了三个突变株… 真惨啊… 由于红球菌之间的转化很少报道，这个领域的进展很受关注。红平红球菌变种B264-1 能将DNA转化到其他红平红球菌菌株中，具有这种活力所要求的基因在B264-1中的两个巨大质粒中的结论就值得怀疑。很清楚我们仍有许多工作要做，而第一步就是在红平红球菌变种B264-1中对所要转化的基因进行标记…

以这个评论结尾使得苯代谢好象是这个研究的最重要的结论 结束讨论 …另外对于除去快速生长的可能解释是在更长的周期中，苯醌和其他的代谢产物从平板的KY1 边扩散到50A2 边（图3c)，而细胞在贫瘠条件下可以利用这些物质来进行新陈代谢，即便这种代谢并不旺盛。 以这个评论结尾使得苯代谢好象是这个研究的最重要的结论 结束

结束讨论 …另外一种对快速生长可能的解释是在更长的周期中，苯醌和其他的代谢产物从平板的KY1 边扩散到50A2 边（图3c)，而细胞在贫瘠条件下可以利用这些物质来进行新陈代谢。 我们到目前所得到的数据支持红球菌KY1 中的 nimB 基因编码一种对萘代谢起关键作用的功能蛋白的假说，然而，很明显我们还需要做更多的工作来确定这个基因及其临近基因ORF5468的准确的功能。对这个领域的继续研究将阐明红球菌中芳烃的降解途径。