生物資訊 bioinformatics 林育慶.

Slides:



Advertisements
Similar presentations
Lib.ujs.edu.cn PubMed 检索与利用 刘海军
Advertisements

13-1 人工智慧 13-2 雲端運算 13-3 感測網路與物聯網 13-4 生物資訊 13-5 計算機萬能嗎?
牛津期刊- Oxford Journals 國立台北護理健康大學 教育訓練 Oct 邱子翎.
《中国重要会议论文全文数据库》 《国际会议论文全文数据库》 检索功能特点及使用说明
深入Pubmed,了解不一样的生物医学世界
歡 迎 光 臨.
一次数据库的查寻.
国家科技图书文献中心科技期刊介绍.
信息技术与旅游的交叉研究进展 北京联合大学旅游学院 黎巎 张凌云 2012年4月21日.
一起探寻Wiley Online Library 为你的学习研究提供动力
iGroup亚太资讯(中国)有限公司 朱丽娟
散文選及習作 [墨池記] 曾鞏 國二甲 S 洪國勛 指導教授:胡翰平 老師.
分子生物学软件介绍 刘吉平讲师
避開鳥事、走好運! 懂卜卦的人,一輩子不吃虧!
汇报人:李臻 中国海洋大学信息科学与工程学院 计算机科学与技术系
如何利用信息提升研究生 学习与研究质量 安徽省高校研究生信息素养夏令营 武汉大学信息管理学院 黄如花 副院长 教授、博导.
13 生物技术安全性及其应对措施 学习目的 了解生物技术,尤其是转基因技术所带来的安全性,及其对社会安全、伦理、道德可能带来的重大影响;各国对待转基因生物的态度及应对措施;中国加入世界贸易组织以来在生物技术安全性方面面临的问题及对策;克隆人所带来的争议;生物武器对人类的威胁;人类基因组计划带来的担忧。
《分子影像学基础》研究生课程系列学术交流活动
查找临床医学资源途径 重要国际生物医学搜索引擎,如Intute、MedWeb、HON、KI等
GIS教学体系探讨 ——以北京大学本科教育为例 邬 伦
生物信息学数据库.
人类科学史上 三大工程 曼哈顿计划(原子弹) 阿波罗计划(登月) 人类基因组计划 了解人类自身,操纵生命 其意义比以上两个计划更为深远.
邹 权 (博士、副教授) 厦门大学数据挖掘实验室
工业工程介绍
如何申請醫事人員報備支援線上申辦系統 National Public Health Information Portal 公共衛生資訊入口網
生物信息学 Bioinformatics.
libD3C: 一种免参数的、支持不平衡分类的二类分类器
基因组数据注释和功能分析 陈启昀 陈 辰 丁文超 张增明 浙江加州国际纳米技术研究院(ZCNI)
生物信息学 第三章 基因组学与序列分析 张高川 生物信息学教研室 (Department of Bioinformatics)
第九章 网络信息资源检索.
目录导读 PART01 楼市动态 PART02 土地市场 PART03 住宅市场 PART04 商业市场 PART05 办公市场
Computational Chemistry
計算方法設計與分析 Design and Analysis of Algorithms 唐傳義
生物資訊 (Bioinformatics)
生物信息学常用软件 李蔚 Co-head, Bioinformatics Department
遍寻全馆无觅处,足不出户获全文 ----如何免费获得所需文献 罗平
College of Science National Tsing Hua University
讀者服務組 王蓉瑄 分機:2995 Wiley Interscience 簡介 讀者服務組 王蓉瑄 分機:2995
PubMed操作指令教學 嘉基醫圖 陳玉嬋製作.
Basic Local Alignment Search Tool
國立陽明大學 臨床醫學研究所 簡報 2005 報告人 臨床醫學研究所所長 吳肇卿 教授.
第二章 数据搜索与两两比对 本章描述了 如何比对两条或多条相关核苷酸或多肽序列, 如何搜索存储序列信息的数据库。
Nature Publishing Group Nature Geoscience
Global Reference on the Environment, Energy, and Natural Resources
長智文化事業有限公司 Product Specialist 鄒怡嬋
ProQuest-CSA Illumina数据库
双序列比对.
Authors: Saumil Mehta and Deendayal Dinakarpandian
Web citation Availability: A Follow-up study
103學年度「教學獎」申請理念說明 黃慧玲 生物科技學系 04/27/2015.
黄健安 华南农业大学 NPG Nature Asia-Pacific 2008 Nov05
第十一章 动物基因组学 (Animal Genomics).
序列分析(一) 一一序列比对.
Springer电子期刊数据库使用指南 河南科技学院图书馆.
「導論」教學實施規劃 吳正己 國立台灣師範大學 資訊教育研究所.
生物技術研究中心 Center for Biotechnology, NTU NTU
Computational Thinking & Programming
IEEE Computer Society 長亨文化事業有限公司.
系统科学与复杂网络初探 刘建国 上海理工大学管理学院
NCBI Blastn 安裝程序.
Topology David Shiuan Department of Life Science
英国物理学会(IOP)出版社 期刊介绍及其使用指南
(二)盲信号分离.
IEEE Computer Society 智泉國際事業有限公司 2019年5月14日.
高效洁净机械制造实验室是 2009 年教育部批准立项建设的重点实验室。实验室秉承“突出特色、创新发展“的宗旨,以求真务实的态度认真做好各项工作。 实验室主任为黄传真教授,实验室副主任为刘战强教授和李方义教授。学术委员会主任为中国工程院院士卢秉恒教授。实验室固定人员中,有中国工程院院士艾兴教授,教育部.
批次請(休)假單 功能路徑:[請假作業專區]→[批次請(休)假單] 功能說明:提供使用者線上申請/維護 多天、不連續請(休)假
國立彰化師範大學 數學系 & 統計資訊研究所 系主任 & 所長: 李錦鎣
國立清華大學 理學院各系所簡介 (102.9) 數學系、物理學系、 化學系、理學院學士班.
社會學習領域 課綱修正宣導簡報 臺北市社會領域輔導小姐.
科研必备技能 许忠平.
Presentation transcript:

生物資訊 bioinformatics 林育慶

Bioinformatics

資訊information 資訊 (information) 包括各種形式,如新聞、文獻、影片、報告、數字、統計等,是人類活動重要的記錄。 數量龐大且混雜無序的資訊一定要透過適當的處理與分析,才能成為知識,為各行各業所用。

What is Bioinformatics? Computer Science Mathematics and Statistics 分子生物學 生物化學 遺傳學 物理化學 結構生物學 演化生物學 核磁共振學 基因體學 蛋白體學 計算物理學 演算法 圖像及訊號處理 電腦架構及資料庫管理 電腦語言 程式設計 人工智慧及訊息理論 設計與模擬作業 數值分析 統計學 軟體工程及自動化 Biology

Bioinformatics的產生 大量DNA序列及蛋白結構方面的數據,不得不依賴電腦軟體來加以處理分析,使得生物資訊學(bioinformatics),又稱為計算生物學(computational biology)或資訊生物學(information biology), 應運而生。 1970基因重組技術問世 1980生物科技產業發展 1990人體基因計劃 生物資訊 GenBank為美國國家衛生院支持的資料庫。到2002年3月為止,已儲存有14,976,310個DNA序列

生物資訊學之主要工作 生物資料庫及網站之建立 ex:NCBI (National Center for Biotechnology Information) 、GenBank 生物資訊的搜尋 生物資訊的分析 ex:EMBOSS包括有約100種序列分析軟體,提供核心軟體庫,並整合其它共用軟體資源

HOT 數據取得及處理 基因體圖譜及比較 分子模型構築及模擬 ex:蛋白質之資訊除了胺基酸序列外,亦包含3D結構,要求的不只是平面資訊,而是立體資訊 DNA及蛋白質序列及結構比較 Need sequence alignment

Sequence alignment

想瞭解同一種蛋白質, 在不同物種間其胺基酸相似程度, 同時想知 道它們之間關係? 進行多重序列的排列(multiple sequence alignment), 便可以知道這些蛋白質之間的關 係了。

Pairwise Alignment Sequence A: CTTAACT Sequence B: CGGATCAT An alignment of A and B: C---TTAACT CGGATCA--T Sequence A Sequence B

Pairwise Alignment Sequence A: CTTAACT Sequence B: CGGATCAT An alignment of A and B: Mismatch Match C---TTAACT CGGATCA--T Deletion gap Insertion gap

Alignment Graph C---TTAACT CGGATCA--T C G G A T C A T C T T A A C T Sequence A: CTTAACT Sequence B: CGGATCAT C G G A T C A T C T T A A C T C---TTAACT CGGATCA--T

如何判斷相似度 C - - - T T A A C T C G G A T C A - - T Match: +8 (w(x, y) = 8, if x = y) Mismatch: -5 (w(x, y) = -5, if x ≠ y) Each gap symbol: -3 (w(-,x)=w(x,-)=-3) C - - - T T A A C T C G G A T C A - - T +8 -3 -3 -3 +8 -5 +8 -3 -3 +8 = +12 Alignment score

k best local alignments Smith-Waterman (Smith and Waterman, 1981; Waterman and Eggert, 1987) FASTA (Wilbur and Lipman, 1983; Lipman and Pearson, 1985) BLAST (Altschul et al., 1990; Altschul et al., 1997)

FASTA Find runs of identities, and identify regions with the highest density of identities. Re-score using PAM matrix, and keep top scoring segments. Eliminate segments that are unlikely to be part of the alignment. Optimize the alignment in a band.

FASTA Step 1: Find runes of identities, and identify regions with the highest density of identities. Sequence B Sequence A

FASTA Step 2: Re-score using PAM matrix, and keep top scoring segments.

FASTA Step 3: Eliminate segments that are unlikely to be part of the alignment.

FASTA Step 4: Optimize the alignment in a band.

BLAST Basic Local Alignment Search Tool (by Altschul, Gish, Miller, Myers and Lipman) The central idea of the BLAST algorithm is that a statistically significant alignment is likely to contain a high-scoring pair of aligned words.

BLAST Step 1: Build the hash table for Sequence A. (3-tuple example) For DNA sequences: Seq. A = AGATCGAT 12345678 AAA AAC .. AGA 1 .. ATC 3 .. CGA 5 .. GAT 2 6 .. TCG 4 .. TTT

BLAST Step2: Scan sequence B for hits. Step 3: Extend hits. hit

生物資訊的產業應用現況 主要應用:genomics、cheminformatics、proteomics、pharmacogenomics… 例如開發新藥,可以節省30%的新藥開發時間及33%的開發支出 長遠目標:基因藥理學,高產能蛋白質結構,蛋白質間的互動分析…

(補充) 其他相關

Bioinformatics and Computational Biology-Related Journals: Bioinformatics (previously called CABIOS) Bulletin of Mathematical Biology Computers and Biomedical Research Genome Research Genomics Journal of Bioinformatics and Computational Biology Journal of Computational Biology Journal of Molecular Biology Nature Nucleic Acid Research Science

Bioinformatics and Computational Biology-Related Conferences: Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) The Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) The IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB) ...

最後..資源哪裡找

主要生物資訊網站 主要之生物資訊網站,已漸漸將資料庫、搜尋引擎及分析軟體合而為一 NCBI (National Center for Biotechnology Information) ExPASy (Expert Protein Analysis System) EMBnet (European Molecular Biology network)

NCBI (National Center for Biotechnology Information) 依據public law 100-687而設立了NCBI,它隸屬於美國國家醫學圖書館 (NLM)而位於美國國家衛生院 (NIH) 院區 主要任務:(1) 建立生物資訊儲存分析的自動化系統。 (2) 改善生物資訊搜尋及分析之方法。 (3) 促進生物醫學工作者對生物資訊及軟體之使用。

reference EBI (European Bioinformatics Institute):http://www.ebi.ac.uk/ ExPASy (Expert Protein Analysis System):http://www.expasy.org/ GenomeNet (Japanese Bioinformatics Center):http://www.genome.ad.jp/ NCBI (National Center for Biotech Information):http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NIH (National Institute of Health):http://www.mh.nih.gov/ 國家衛生研究院(National Health Research Institute):http://www.nhri.org.tw/ http://www.csie.ntu.edu.tw/~kmchao 趙坤茂老師投影片 前人投影片…