基于GATE的PET仿真环境的实现与应用 郑州大学物理工程学院 张斌,赵书俊,张士勋,刘豪佳
1 摘要 正电子发射断层成像(PET)是生物活体代谢功能成像工具,而GATE是一款基于Monte Carlo方法的PET/SPECT设备专用仿真软件。实践中,在Ubuntu操作系统平台上,利用GATE建立了PET的仿真环境,并利用benchPET示例程序实现了PET设备仿真。
2 PET的工作原理和结构 图1 正电子湮没与探测原理图 图2 结构示意图
3 GATE的特点 Geant4是在核物理和粒子物理研究领域中得到广泛应用的Monte Carlo软件包,GATE(Geant4 Application for Tomographic Emission)是Geant4关于发射断层的具体应用 。它提供基于通用代码的全面的物理建模能力,能够直观地配置发射断层仿真系统,包含已经验证有效的物理模型、能设置复杂扫描装置几何形状的建模工具、探测器电子响应模型以及高效的可视化应用程序。
3 GATE的特点 1 结构特点 GATE将Geant4的库文件封装成一系列的层结构,包括核心层、应用层和用户层。 图3 GATE的结构
3 GATE的特点 2 脚本语言 在用户层,GATE提供了用脚本语言进行交互式仿真和批处理仿真的机制。这种描述性的脚本语言以树状结构组织,对于用户来说易学易用。例如任何对几何结构进行设置的命令都在“/geometry/”分支下面,命令“/gate/crystal/geometry/setXLength 40 cm”就表示把晶体在X轴的长度设为40cm。
3 GATE的特点 3 同步时间相关过程 GATE的一个重要的创新是它可以同步所有与时间相关的物理过程,如探测器的各种运动、放射源的衰变动力学等,这样可以更精确地仿真实际物理过程,并测试动态重建算法。 如:我们可以用下面的命令对探测器的运动进行建模:/gate/scanner/moves/insert rotation /gate/scanner/rotation/setspeed 3.6 deg/s
4 GATE仿真环境的建立 本实践中,GATE仿真环境基于Ubuntu 操作系统,编译器使用gcc4.3。 GATE安装分为两个步骤: 1 安装Geant4及其所需工具软件(如CLHEP,ROOT等)。 2 安装GATE本身。
4 GATE仿真环境的建立 首先分别执行configure和make命令来完成CLHEP和ROOT的配置和安装。ROOT安装完成后会在bin文件夹下生成thisroot.sh文件 。 然后安装Geant4:执行./Configure -build进行配置,有些选项采用逐项问答式,要求用户对Geant4进行配置。配置完成后执行./Configure -install进行安装。如果安装顺利完成,执行./Configure进行安装后的再配置,最后会在安装目录中生成env.sh文件。
4 GATE仿真环境的建立 安装GATE: 首先设置GATE安装前的环境:分别执行执行Source env.sh和 source bin/thisroot.sh来设置Geant4和ROOT的环境变量。接下来设置环境变量GATEHOME,最后编译GATE,完成后终端下建立链接:sudo ln Gate /usr/bin/Gate,然后在终端窗口中键入Gate即可启动GATE。
5 仿真过程 GATE仿真一般包括以下过程:构造探测器的几何模型;构造扫描对象的几何模型;设置粒子传输参数;设置前端电子学功能与特性;设置示踪剂分布;设置数据输出格式;获取并输出数据。 我们采用GATE自带的benchmarkPET示例进行测试,它包括:benchPET.mac;camera.mac; phantom.mac ; vis.mac; physics.mac; digitizer.mac;sources.mac。
5 仿真过程 树状结构: World--head—module—block—crystal 探测器有8个头,每个头包括4*4个模块,每个模块包括5*5个块,每个块包括5*5个晶 体,晶体为双层,内层LSO晶体,外层BGO晶体。 图4 探测器结构图
5 仿真过程 程序示例: # HEAD /gate/cylindricalPET/daughters/name head /gate/cylindricalPET/daughters/insert box /gate/head/placement/setTranslation 44.0 0.0 0.0 cm /gate/head/geometry/setXLength 8.0 cm /gate/head/geometry/setYLength 32.0 cm /gate/head/geometry/setZLength 40.2 cm /gate/head/setMaterial Air /gate/head/vis/setVisible 0
5 仿真过程 在终端直接执行Gate benchPET.mac,或在GATE启动后执行/control/execute benchPET.mac即可开始仿真过程。数据采集完成后,会生成benchmarkPET.root数据文件,使用ROOT对该文件进行分析可得到探测器的相关参数。
6 仿真结果 图5 轴向真符合事件计数值 图6 轴向探测计数值 图7 sino图
7 总结 GATE是针对PET/SPECT的开源专用仿真软件,它基于通用的蒙特卡罗仿真程序包Geant4,并增加了许多全新的特性,为科研人员设计制造PET提供了一个专业基础仿真平台。 本文描述了建立GATE的运行环境的详细过程,得出了初步的仿真结果。在此基础上,下一步将对具体型号的小动物PET进行全方位仿真,评估其性能,以优化其设计。