How to use GEO.

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How to use GEO

GEO datasets Go to http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Select ‘GEO datasets’ Keyword : Hepatoma cell lines, homo

GSE8351

GSE, GPL, GSM GPL GSM

GPL5452 – view full table

67 samples - mainly HCC samples

Sample GSM206985

G000002 0.065540587 G000003 0.053925988 G000004 0.031904168

Search GEO datasets for “GSE3536” Title : Hepatoma cell lines vs. Universal control 3

GSE3536

GPL2913 – view full table

36 samples

GSM81024 HepG2 vs. Universal control 5

GEO Profiles - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Step2:在此鍵入你所想收尋之關鍵字如: GATA6 (gene name ) AND "Homo Sapiens" [ORGN] AND GDS596 (Accession ) Step1:選擇GEO Profiles

Search result 可點進去看tissue分佈 查詢後,有些得出許多結果,依user所要的資料去選擇,用基因所對應的NM編號來選。