Homework (10/19 0:30AM前交) chlu@mail.cmu.edu.tw
根據以下條件，利用Protein Data Bank的Advanced Search，並列出所搜尋到的PDB ID。 Name Text Search X-ray Resolution Has Ligands Source Organism Browser (NCBI) Release Date 陳建頴 Hemoglobin 0.5~1.5 Yes Homo sapiens 1998-01-01~1999-12-31 胡庭斳 Insulin 1.5~2.5 No 2000-01-01~2004-12-31 王靖崴 Crambin 0.5~2.5 Crambe hispanica 1980-01-01~1999-12-31 林昭翰 Green Fluorescent Protein Aequorea victoria 1990-01-01~1999-12-31 葉卓森 Deoxyribonucleotidase 1.0~2.5 Homo sapiens 2000-01-01~2009-12-31 胡 媗 HIV integrase 2.0~2.5 Human immunodeficiency virus 李宗禧 Endonuclease VII 1.0~2.0 Enterobacteria phage T4 sensu lato 林羿萱 Serine racemase 1.5~3.0 2000-01-01~2014-12-31 余紹瑋 Myosin 1.5~2.0 Dictyostelium discoideum 2000-01-01~2003-12-31
根據以下條件，利用Protein Data Bank的Advanced Search，並列出所搜尋到的PDB ID。 Name Text Search X-ray Resolution Has Ligands Source Organism Browser (NCBI) Release Date 陳品賢 Colicin E9 1.5~2.0 Yes Escherichia coli 1995-01-01~2004-12-31 許富善 Hemoglobin 0.5~2.0 Homo sapiens 1998-01-01~1999-12-31 陳 新 RANKL 1.5~3.0 2000-01-01~2015-12-31 蔡政融 D-amino acid oxidase 1.0~3.5 Sus scrofa 1995-01-01~2009-12-31 李炘杰 Zinc finger 1.5~2.5 Drosophila melanogaster 2000-01-01~2014-12-31 唐 榕 Plastocyanin Phormidium laminosum 1995-01-01~2014-12-31 張旭欣 Desulfoferrodoxin Desulfovibrio desulfuricans 謝亦嘉 Deoxyribonucleotidase 1.0~2.5 Homo sapiens 2000-01-01~2009-12-31 林靖雅 Green Fluorescent Protein 2.0~2.5 No Aequorea victoria 1990-01-01~1999-12-31
利用下列PDB ID : 2. 請擷取PDB網站上的圖形化的Sequence Chain View並依照DSSP圖示計算各種二級結構所佔的序列全長的百分比是多少。 3. 利用PDBsum裡的Procheck分析 Name PDB ID 陳建頴 1BZ0(A) 胡 媗 1EMV(A) 胡庭斳 1BJE(A) 李宗禧 1HYZ(A) 王靖崴 1OEM(X) 林羿萱 1E7L(A) 林昭翰 1CRN(A) 余紹瑋 3L6B(A) 葉卓森 1C4F(A)
利用下列PDB ID : 2. 比較在DSSP與STRIDE的二級結構差異(請用表格方式呈現)。 3 利用下列PDB ID : 2. 比較在DSSP與STRIDE的二級結構差異(請用表格方式呈現)。 3. 利用PDBsum裡的Procheck分析 Name PDB ID 陳品賢 3BQV(A) 唐 榕 1EPW(A) 許富善 1DFX(A) 張旭欣 1AKL(A) 陳 新 1MH9(A) 謝亦嘉 1JQG(A) 蔡政融 1VE9(A) 林靖雅 1DOS(A) 李炘杰 4U77(A)