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Homework (10/19 0:30AM前交) chlu@mail.cmu.edu.tw

根據以下條件,利用Protein Data Bank的Advanced Search,並列出所搜尋到的PDB ID。 Name Text Search X-ray Resolution Has Ligands Source Organism Browser (NCBI) Release Date 陳建頴 Hemoglobin 0.5~1.5 Yes Homo sapiens 1998-01-01~1999-12-31 胡庭斳 Insulin 1.5~2.5 No 2000-01-01~2004-12-31 王靖崴 Crambin 0.5~2.5 Crambe hispanica 1980-01-01~1999-12-31   林昭翰 Green Fluorescent Protein Aequorea victoria 1990-01-01~1999-12-31  葉卓森 Deoxyribonucleotidase 1.0~2.5  Homo sapiens 2000-01-01~2009-12-31  胡 媗 HIV integrase 2.0~2.5 Human immunodeficiency virus  李宗禧 Endonuclease VII 1.0~2.0  Enterobacteria phage T4 sensu lato  林羿萱 Serine racemase 1.5~3.0 2000-01-01~2014-12-31  余紹瑋 Myosin 1.5~2.0  Dictyostelium discoideum 2000-01-01~2003-12-31

根據以下條件,利用Protein Data Bank的Advanced Search,並列出所搜尋到的PDB ID。 Name Text Search X-ray Resolution Has Ligands Source Organism Browser (NCBI) Release Date  陳品賢 Colicin E9 1.5~2.0 Yes Escherichia coli 1995-01-01~2004-12-31  許富善 Hemoglobin 0.5~2.0 Homo sapiens 1998-01-01~1999-12-31  陳 新 RANKL 1.5~3.0 2000-01-01~2015-12-31  蔡政融 D-amino acid oxidase 1.0~3.5  Sus scrofa 1995-01-01~2009-12-31  李炘杰 Zinc finger 1.5~2.5  Drosophila melanogaster 2000-01-01~2014-12-31  唐 榕 Plastocyanin Phormidium laminosum 1995-01-01~2014-12-31  張旭欣 Desulfoferrodoxin Desulfovibrio desulfuricans  謝亦嘉 Deoxyribonucleotidase 1.0~2.5  Homo sapiens 2000-01-01~2009-12-31  林靖雅 Green Fluorescent Protein 2.0~2.5 No Aequorea victoria 1990-01-01~1999-12-31

利用下列PDB ID : 2. 請擷取PDB網站上的圖形化的Sequence Chain View並依照DSSP圖示計算各種二級結構所佔的序列全長的百分比是多少。 3. 利用PDBsum裡的Procheck分析 Name PDB ID 陳建頴 1BZ0(A)  胡 媗 1EMV(A) 胡庭斳 1BJE(A)  李宗禧 1HYZ(A) 王靖崴 1OEM(X)  林羿萱 1E7L(A)   林昭翰 1CRN(A)  余紹瑋 3L6B(A)  葉卓森 1C4F(A)  

利用下列PDB ID : 2. 比較在DSSP與STRIDE的二級結構差異(請用表格方式呈現)。 3 利用下列PDB ID : 2. 比較在DSSP與STRIDE的二級結構差異(請用表格方式呈現)。 3. 利用PDBsum裡的Procheck分析 Name PDB ID  陳品賢 3BQV(A)  唐 榕 1EPW(A)  許富善 1DFX(A)  張旭欣 1AKL(A)  陳 新 1MH9(A)  謝亦嘉 1JQG(A)  蔡政融 1VE9(A)  林靖雅 1DOS(A)  李炘杰 4U77(A)