彻底搞清楚promoter, exon, intron, and UTR 启动子: RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。 promoter自然不属于intron和Exon的任何一个，属于noncoding sequence。 noncoding RNA是现在研究的热点之一。我们常见的MiRNA,SiRNA, antisense RNA tech,这些都是属于ncRNA的范围。只要你在进一步问下：这些RNA是哪里来的？你就知道部分答案，跟那些看似跟编码蛋白没有关系的DNA序列有关系。这部分DNA有个统称就junk DNA，垃圾ＤＮＡ或者冗余DNA，他们编码的RNA就属于 ncRNA. RNAi就是迄今最经典的ncRNA功能典范。 An exon is a sequence of DNA that is expressed (transcribed) into RNA and then often, but with many noteworthy exceptions[1] , translated into protein. Adjacent exons may be separated by an intron, which is later removed from the RNA transcript via the splicing mechanism. (From Wikipedia) UTR（Untranslated Regions)即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。 　　 5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。 转录（Transcription）是遗传信息从DNA到 RNA的转移。即以双链DNA中的一条链为模板，以ATP、CTP、GTP和UTP4种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。

DNA： Pre mRNA： Mature mRNA： cDNA： ORF(open reading frame ) TSS: transcription start site ATGXXXXXXXXX…..XXXXXXXTGA DNA： Promoter gene Pre mRNA： 5'UTR CDS CDS CDS 3'UTR Exon 1 Intron 1 Exon 2 Intron 2 Exon 3 PolyA是后来加上去的。 Gene里没有 cDNA中有。 Mature mRNA： cap 5'UTR CDS CDS CDS 3'UTR Poly A XXXXXXAUGXXXX………………..…....UGAXXXXXXXXXXAAUAAAAAAAAAA start codon: AUG stop codons ：UGA, UAG, UAA 5'UTR 3'UTR PolyA CDS(Coding sequence) cDNA：

Example1 IL17A interleukin 17A[Homo sapiens] Location : 6p12 Sequence : Chromosome: 6; NC_000006.11 (52051185..52055436) gene 1..4252 mRNA join(1..72,1217..1419,2669..4252) CDS join(46..72,1217..1419,2669..2906) 5'UTR 3'UTR Exon1 Intron1 Exon2 Intron2 Exon3 TSS: transcription start site Gray area: 5'UTR (1-45) CDS (46-72) Start codon: ATG Green area: intron Intron1 (73-1216)

Example1 IL17A interleukin 17A[Homo sapiens] Location : 6p12 Sequence : Chromosome: 6; NC_000006.11 (52051185..52055436) gene 1..4252 mRNA join(1..72,1217..1419,2669..4252) CDS join(46..72,1217..1419,2669..2906) Green area: intron Intron2 (1420-2668) CDS (2669-4252) End codon: TAA Gray area: 3'UTR (2907-4252)

Example2: Cx3cr1 chemokine (C-X3-C) receptor 1 [ Mus musculus ] Location : 9 F4; 9 Sequence : Chromosome: 9; NC_000075.6 (120048693..120068282, complement) gene 1..19590 mRNA join(1..78,15940..19590) CDS 15949..17013 互补链上 3'UTR 5'UTR Exon1 Intron1 Green area: Intron1(79-15939) Exon2 Gray area: 5'UTR (15940-15948) in exon2 CDS (15949-17013) Start codon: ATG End codon: TGA Gray area: 3'UTR (17014-19590) in exon2

常见问题： 问：Promoter在DNA序列中是算内含子还是外显子？ 答：都不是。属于noncoding sequence。 问：UTR在DNA序列中是算内含子还是外显子？ 答：外显子。 问：起始密码子ATG在gene的哪个位置？ 答：外显子内，CDS以ATG开始。 问：每个基因之间都有一定的间隔序列，这些基因间的间隔序列应该不属于内含子吧？ 答：是的。属于noncoding sequence。 问：如何寻找启动子区域和预测转录因子结合位点？ 答：见我的帖子http://www.dxy.cn/bbs/topic/23466429