科研必备技能 许忠平
NCBI数据库的使用 找序列 查文献
官网: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 文献搜索 蛋白序列 使用方法: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf 蛋白序列 核酸序列
查 文 献
找 序 列 通 过 基 因 名 字
找序列: 通过序列比对 blastn blastp
Fasta或fa格式
序列比对方式 输入fasta/fa序列 期望值 比对物种 比对算法 额外比对参数 当将期望选项值调小时,返回的数据库搜索结果将变少,匹配被搜索到的概率也会变小。增大E值将返回更多的结果。 比对物种 比对算法 额外比对参数
E value:这个指标与其他指标不同,它的数值越小相似程度越高,其他几个(如Totle score)都是数值越高相似度越高
棉花数据库
序列比对 Sequence Alignment
文献搜索和下载
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http://tiramisutes.github.io/2015/08/05/bio-online.html
mRNA-seq:寻找差异表达基因 基因表达水平分析 差异表达基因分析 差异表达基因筛选及聚类分析 差异基因GO富集分析
文本编辑应用:工欲善其事,必先利其器 EditPlus Sublime UltraEdit komodo-ide