平台特性 NCGM-SNP組SNP鑑定服務係採用美商SEQUENOM MassARRAY® System ，此平台可供用戶選擇較彈性的樣本數(94個樣本的倍數)及任意數目的SNPs 申請鑑定實驗(1~數百個SNPs)。此平台的特點在於可於單一well中進行多個SNPs (最多36 SNPs)的鑑定實驗，但哪些SNP可於同一well 內進行鑑定實驗以及單一well 內最多可進行多少個SNPs，這都取決於該批SNPs的primer設計結果。
同時最多可進行36 SNPs反應於單一well 1.gDNA isolation by user 平台原理 步驟1. gDNA isolation。用戶提供自行萃取的gDNA。 2.PCR Amplification 步驟2. PCR Amplification。針對每一個SNP設計一對PCR primer 來放大包含SNP點的片段，PCR產物大小約80~120bp。 雙股 DNA 步驟3. SAP incubation。使用Shrimp Alkaline Phosphatase 來水解沒有反應完的dNTPs，避免PCR反應剩餘的dNTP 干擾後續反應。 3.SAP incubation 雙股 DNA 4.Primer Extension 步驟4. Primer Extension。針對每一個SNP設計一條緊鄰SNP點的probe,反應中只加入ddNTP， probe連接上的ddNTP由SNP的genotype 來決定。故可由反應產物回推樣本的genotype。 +ddNTP 雙套染色體 5.Chip Dispensing 步驟5.Chip Dispensing。反應完的樣本，進行去鹽離子處理，再進行樣本點注 6.MALDI-TOF Detection 步驟6. MALDI-TOF Detection。使用飛行質譜儀偵測primer extension實驗產物，由分析軟體自動判讀結果。 此說明僅為單一SNP的反應，實際實驗 同時最多可進行36 SNPs反應於單一well
可提高成功率與實驗正確性的檢查動作 請確認SNP序列資料為最新的，或可使用NCGM所提供的序列下載工具下載序列(相關說明請參考使用手冊，第5.1章節的說明) 請使用MySequenom 網站檢查欲鑑定的SNPs是否適合使用SEQUENOM MassARRAY® System 進行鑑定，事先剔除不適用的SNP點。(相關說明請參考使用手冊，第5.2章節的說明)
平台限制 目前whole genome約有超過1900萬的SNPs，每位用戶的request皆不同，NCGM無法為每位用戶調整所有的實驗條件。 SNP資料不斷更新，導致primer 設計時的誤差，可能干擾實驗成功率與結果。 MultiPLEX 的相互干擾可能會影響實驗成功率與結果。
整體成功率 樣本品質、primer plex數設定、SNP挑選、是否有進行事前的SNP適用性檢查等因素皆會影響實驗的整體成功率。 平均而言，約有1~2成的SNPs 無法成功鑑定。失敗的原因可能為： 1.SNP不適用於Sequenom 平台。 2. MultiPLEX 的相互干擾。